Năm 1968-1970

Năm 1973-1975

Hiện nay

• Phòng Dự án
• Phòng Kinh tế Kỹ thuật
• Phòng Tài chính Kế toán
• Phòng Xe máy - Vật tư
• Phòng Tổ chức Lao động
• Phòng Chính trị
• Văn phòng
• Thanh tra
• Ban Kiểm soát
• Phòng Điều tra Hình sự
• Ủy ban Kiểm tra Đảng
• Bảo tàng Đường Hồ Chí Minh
• Ban quản lý dự án đầu tư xây dựng
• Công ty TNHH MTV XD 384 (Lữ đoàn 384, Đoàn 384, Sư đoàn 474 trước đây, nay đã không còn phiên hiệu quân sự)
• Công ty TNHH MTV XD 99 (Lữ đoàn 99, Trung đoàn 99 trước đây, nay đã không còn phiên hiệu quân sự)
• Công ty TNHH MTV XD 470 (Lữ đoàn 470, Sư đoàn 470, Bộ Tư lệnh 470 trước đây, nay đã không còn phiên hiệu quân sự)
• Công ty TNHH MTV XD 472 (Lữ đoàn 472, Sư đoàn 472, Bộ Tư lệnh 472 trước đây, nay đã không còn phiên hiệu quân sự)
• Công ty TNHH MTV 17 (Lữ đoàn 17, Trung đoàn 17 trước đây, nay đã không còn phiên hiệu quân sự)
• Công ty TNHH MTV 492
• Công ty Cổ phần Trường Sơn 185 (Lữ đoàn 185, Lữ đoàn 552 trước đây, nay đã không còn phiên hiệu quân sự)
• Công ty Cổ phần Trường Sơn 532 (Lữ đoàn 532, Trung đoàn 532 trước đây, nay đã không còn phiên hiệu quân sự)
• Công ty Cổ phần Trường Sơn 145
• Công ty Cổ phần Tư vấn Trường Sơn (Viện Khảo sát Thiết kế trước đây, nay đã không còn phiên hiệu quân sự)
• Công ty 98 (Trung đoàn 98 trước đây, nay không còn phiên hiệu quân sự)
• Công ty CP XD 565 (Đoàn 565 trước đây, từ tháng 4/2017 không còn thuộc TCT và không còn phiên hiệu quân sự do BQP đã thoái vốn)[4]
• Chi nhánh Miền Trung
• Chi nhánh Miền Nam
• Chi nhánh Trường Sơn 26
• Chi nhánh Trường Sơn 28
• Chi nhánh Trường Sơn 97
• Trường Trung cấp Cầu đường và Dạy nghề
• Các Ban điều hành dự án